中华人民共和国镇江海事局设置有职能部门八个，分别是：   综合办公室（法制办公室挂靠） 政工科 财务科 人事教育科 船舶监督科 危管防污科 通航管理科（ＶＴＳ中心） 后勤服务中心 中华人民共和国镇江海事局下设海事处五个，分别是：   中华人民共和国镇江海事局高资海事处 中华人民共和国镇江海事局征润洲海事处 中华人民共和国镇江海事局大沙海事处 中华人民共和国镇江海事局大港海事处 中华人民共和国镇江海事局扬中海事处 海事处下设十二个办事处，分别是： 中华人民共和国镇江高资海事处大道河办事处 中华人民共和国镇江征润洲海事处平政桥办事处 中华人民共和国镇江征润洲海事处龙门港办事处 中华人民共和国镇江征润洲海事处船山矿办事处 中华人民共和国镇江大沙海事处谏壁办事处 中华人民共和国镇江大沙海事处索普办事处 中华人民共和国镇江大港海事处金东办事处 中华人民共和国镇江大港海事处孩溪办事处 中华人民共和国镇江大港海事处青龙山办事处 中华人民共和国镇江扬中海事处轮船港办事处 中华人民共和国镇江扬中海事处旺电厂办事处 中华人民共和国镇江扬中海事处扬中大桥办事处